Après le terrible naufrage de son bateau, le jeune Gary Gulliver se réveille prisonnier sur une étrange île, retenu par des liens minuscules. Il découvre alors l'existence des Lilliputiens, un peuple de gens de la taille d'un doigt, et réalise qu'il est sûrement arrivé à Lilliput, l'île mystérieuse que recherchait son père, disparu en mer pendant la tempête. Accompagné de son chien, Gulliver se lie d'amitié avec les Lilliputiens. Il part à la recherche de son père, en espérant qu'il soit toujours en vie quelque part, et devra déjouer les nombreuses manigances de son ennemi juré, le capitaine Leech, qui veut s'emparer de la carte au trésor en possession du jeune homme... Il aura fort à faire sur cette île peuplée de créatures dangereuses et de pirates, mais il pourra toujours compter sur ses nouveaux minuscules amis !